Então, os argumentos de Margulis foram suficientes para convencer os seus colegas? Sim — e não! O artigo despertou imediatamente um grande interesse, e até ganhou um prémio como artigo do ano de 1967 para a melhor publicação feita por um docente da Universidade de Boston, onde Margulis lecionava. Muitos dos colegas de Margulis que trabalhavam em genética e microbiologia aceitaram a ideia rapidamente. Outros biólogos foram seduzidos pelo número de linhas de evidência que Margulis conseguiu reunir. Mas muitos investigadores de outros campos pareciam francamente perturbados pela ideia de que estruturas celulares vitais como as mitocôndrias pudessem ter evoluído por endossimbiose. Alguns críticos argumentaram que conseguiam pensar em cenários plausíveis nos quais as células eucarióticas teriam evoluído de forma gradual e lenta e ainda iam ao encontro das expetativas criadas pela hipótese endossimbiótica.

	Imagem do ADN mitocondrial, circular, no Diplonema papillatum, um flagelado marinho, obtida por microscópio eletrónico. A barra de escala corresponde a 0.5 µm.

Por exemplo, uma das linhas de evidência relevantes envolvia a forma do ADN nas mitocôndrias. O ADN mitocondrial tem a forma circular, tal como o ADN bacteriano. O ADN nuclear, por outro lado, está compactado em cadeias lineares. Alguns cientistas argumentaram que isto indicava que as mitocôndrias eram mais parecidas com bactérias do que com as células onde se encontravam e viam este facto como evidência que suportava a hipótese de Margulis. Os críticos, no entanto, interpretavam a evidência de forma diferente. Baseados no conhecimento que o ADN circular tinha sido a primeira forma de ADN a existir, eles pensavam que os ADNs mitocondrial e bacteriano tinham evoluído a partir deste ADN ancestral, mas seguindo linhas evolutivas diferentes. Por outras palavras, eles pensavam que os ADNs mitocondrial e bacteriano eram parecidos em forma, não porque estivessem relacionados proximamente, mas porque tinham evoluído a partir da forma original do ADN.

Talvez esta explicação não pareça muito provável, quando comparada com a hipótese de Margulis, mas, em alguns aspetos, a ciência pode ser como um tribunal — o ónus da prova pertence muitas vezes a quem faz a nova afirmação. Era Margulis que tinha que convencer os céticos de que tinha razão.

Margulis era experiente o suficiente para perceber que seria necessário mais do que um artigo para convencer outros cientistas a levarem a sério a sua hipótese. Margulis teria de ultrapassar a resistência da comunidade científica a ideias com as quais não estivessem familiarizados e que não encaixassem na perfeição na teoria da evolução tal como esta existia na altura. Para esse fim, Margulis expandiu os seus argumentos num livro completo que, depois de uma rejeição inicial por parte de um editor, foi finalmente publicado em 1970. O formato no qual o livro tinha sido escrito permitiu que Margulis alcançasse uma audiência interdisciplinar, desenvolvesse os seus argumentos e contra-argumentasse com alguns dos seus críticos.

Apesar de o livro ter encorajado muitos cientistas a levar a teoria endossimbiótica a sério, não os convenceu a todos. Em ciência, a evidência comanda. Ideias sobrevivem ou são destruídas por evidência que as apoiem ou refutem — e a maioria dos cientistas queria, simplesmente, evidência mais forte antes de aceitar a nova ideia.