Imagens © Dennis Kunkel Microscopy, Inc. (www.denniskunkel.com)
Tetrahymena (à esquerda), um protozoário de água doce, com filas de cílios, e Pseudomonas spp. (à direita), uma bactéria com vários flagelos.

O ADN foi encontrado nas mitocôndrias e nos plastídeos no início da nossa história, mas o mesmo não se passou com os organelos tubulares. Como estas estruturas são grandes e pegajosas, o ADN livre, quer do núcleo quer do ambiente, tende a ficar colado a elas. Estas "bolas de cotão" celulares pareciam sempre acabar contaminadas com outro ADN — e isto fez com que fosse difícil perceber se estas estruturas tinham o seu próprio ADN ou não!

	Joan Argetsinger em 1963, enquanto pesquisava sobre organelos tubulares.

Joan Argetsinger, a primeira cientista a testar a ideia de que existe ADN dentro dos organelos tubulares, publicou os seus resultados em 1965. Argetsinger encontrou ADN, mas não conseguiu determinar se pertencia ao organelo ou se era contaminação. O debate durou décadas. Muitos afirmaram ter encontrado evidência de material genético, ou ADN ou ARN (outra molécula que contém informação no interior das células) — mas acabava sempre por se demonstrar que eram resultantes de métodos falhados, erros ou contaminação.

Apesar da falta de evidência, Margulis continua convencida de que, eventualmente, se irá encontrar evidência que suporte a ideia de que os organelos tubulares, como as mitocôndrias e os plastídeos, são resultado da endossimbiose. Em 2006, Margulis publicou uma versão revista da sua hipótese que continha todas as observações feitas até à data — nomeadamente, que era muito difícil encontrar material genético pertencente aos organelos tubulares. De acordo com a nova versão da hipótese, os organelos tubulares evoluíram via endossimbiose, mas têm menos material genético (o que dificultaria a sua descoberta) porque estes foram os primeiros endossimbiontes a ser envolvidos na célula hospedeira e tiveram muito mais tempo para perder material genético do que os restantes organelos. No entanto, muitos cientistas não ficaram mais convencidos com a sua hipótese atualizada a respeito dos organelos tubulares do que já estavam com a hipótese original.

Em 2008, parecia que a sua hipótese sobre os organelos tubulares ia receber algum apoio. Uma equipa de cientistas encontrou evidência convincente de que um determinado tipo de organelo tubular tinha o seu próprio material genético — ARN! Seriam estes dados suficientes para convencer a comunidade científica de que Margulis tinha estado certa, este tempo todo, sobre a origem endossimbiótica dos organelos tubulares?

Não. A excitação durou pouco tempo. Apenas um ano mais tarde, outro grupo de cientistas mostrou que ao remover os organelos tubulares de uma célula eucariótica, estes voltavam a crescer. De acordo com os critérios originais de Margulis, auto-replicação e transmissão às células filha era uma expetativa importante gerada pela hipótese endossimbiótica. Se uma célula consegue desenvolver, de raiz, um organelo, é provável que este organelo não se reproduza de forma independente nem se transmita às células filha. Esta descoberta ia contra a ideia de que estes organelos tinham evoluído via endossimbiose. Baseados em todas as evidências disponíveis, a maioria dos biólogos rejeitou a hipótese de que os organelos tubulares descendiam de endossimbiontes.