1. Falta de evidência
Os cientistas esforçam-se por escrutinar todos os aspetos da evidência, incluindo os que parecem ser óbvios. Isto significa que para ser aceite, uma ideia científica tem de ser mais do que plausível; tem de ser testada e apoiada repetidamente com várias linhas de evidência. Anteriormente, os cientistas tinham tentado testar a hipótese endossimbiótica, mas não dispunham da tecnologia necessária para planear um teste verdadeiramente adequado para a ideia — por isso, simplesmente, não havia evidência suficientemente forte para suportar a ideia. Sim, as mitocôndrias parecem-se muito com bactérias, mas isto não era suficiente para convencer os cientistas de que estas estruturas já tinham sido bactérias.

2. Inconsistência com uma teoria aceite
Muitos cientistas eram céticos quanto à hipótese endossimbiótica porque esta não parecia encaixar na teoria da evolução como era compreendida na altura. Entre 1900 e 1950, os biólogos fizeram muitas descobertas no campo da genética, ao se concentrarem em alterações pequenas e aleatórias do ADN — mutações — que ocorrem quando uma célula se reproduz. Estes "erros" genéticos eram claramente um mecanismo importante da evolução e muitos biólogos acreditavam que toda a evolução tinha ocorrido como resultado da acumulação de muitas e pequenas mutações ao longo do tempo. No entanto, a nova hipótese propunha grandes avanços evolutivos através da simbiose — em vez de mudanças lentas e constantes causadas por mutações mínimas. A hipótese endossimbiótica parecia, a princípio, não se ajustar com o que os cientistas da época compreendiam sobre o modo de funcionamento da evolução.

3. Parcimónia
Em igualdade de condições, é mais provável os cientistas aceitem ideias mais simples ou parcimoniosas, do que ideias mais complexas. E aceitar esta nova ideia teria tornado a teoria da evolução mais complexa. Em vez de propor um mecanismo principal (a acumulação de pequenas mutações ao longo do tempo), a teoria teria que incorporar a simbiose como mecanismo adicional da alteração evolutiva. Os cientistas não compreendiam porque haveriam de procurar uma nova forma de explicar a alteração evolutiva, quando a maneira anterior era apoiada por tantas evidências e parecia explicar a maioria das observações. Seriam precisas mais evidências para os convencer de que a teoria da evolução tinha que passar a comportar um outro mecanismo de mudança.

4. Tendências e preconceitos pessoais
Os cientistas esforçam-se por trabalhar objetivamente, mas, sendo humanos, são vulneráveis a ter tendências e preconceitos pessoais — vieses — como qualquer outra pessoa. Neste caso, os cientistas tinham dois vieses principais que distorciam a sua reação à hipótese endossimbiótica. Em primeiro lugar, desde Darwin, a evolução consistia na competição entre organismos, que competiam por território, parceiros e alimento. Mas a hipótese endossimbiótica focava-se em cooperação. A teoria evolutiva não negava a possibilidade de haver cooperação mas os cientistas não estavam acostumados à ideia de que a evolução poderia ocorrer como resultado da colaboração entre dois organismos.

Competição — luta entre carneiros-selvagens (à esquerda) — e cooperação — um peixe-palhaço procura proteção entre os tentáculos de uma anémona (à direita).

Em segundo lugar, a maior parte dos cientistas que fazia investigação no campo da evolução naquela altura trabalhava com animais relativamente grandes — moscas-da-fruta, aves e ratinhos — e não com micro-organismos como amibas ou bactérias, estudadas por Margulis. Os cientistas que trabalhavam com micro-organismos sabiam que um organismo a viver dentro de outro era um fenómeno normal, mas os que trabalhavam com animais grandes tinham observado poucos exemplos de endossimbiose. Hoje, sabemos que a endossimbiose é comum mesmo em animais multicelulares e complexos (como as algas que vivem em moluscos gigantes e realizam fotossíntese), mas, na altura, os cientistas que estudavam animais maiores assumiam que este fenómeno era bastante raro. Estes cientistas tinham dificuldade em aceitar esta hipótese porque não conheciam fenómenos de endossimbiose nos animais que estudavam.

Obviamente, os cientistas não aceitam imediatamente novas ideias. Esta resistência pode fazer com que a ciência evolua devagar, mas serve para garantir que todas as novas ideias são testadas minuciosamente antes de ganharem aceitação. Na sua primeira publicação sobre esta hipótese, Margulis fez o seu melhor para explicar todos os testes que já tinham sido feitos, assim como os que ainda estavam em vias de ser feitos …